ท่าเรือกรุงเทพ ตั้งอยู่ฝั่งซ้ายของแม่น้ำเจ้าพระยา ระหว่างหลักกิโลเมตรที่ +26.5 ถึง +28.5 ปากคลองพระโขนง เขตคลองเตย กรุงเทพมหานคร

พื้นที่ทางบก
ประมาณ 2,353 ไร่ แบ่งเป็น พื้นที่ในเขตรั้วศุลกากรใช้ในกิจการประมาณ 898 ไร่  พื้นที่นอกเขตรั้วศุลกากรใช้ในกิจการประมาณ 115 ไร่  พื้นที่จะใช้ขยายกิจการในอนาคตประมาณ 71 ไร่  พื้นที่ให้หน่วยงานราชการขอใช้ประมาณ 217 ไร่  พื้นที่ให้หน่วยงานของรัฐและเอกสารเช่าประมาณ 664 ไร่  พื้นที่ชุมชนประมาณ 197 ไร่  และทางสัญจรประมาณ 191 ไร่
พื้นที่ทางน้ำ
ร่องน้ำตอนนอก จากปากร่องน้ำกิโลเมตรที่ -18 ถึงป้อมพระจุลฯ กิโลเมตรที่ 0 ยาว 18 กิโลเมตร และร่องน้ำตอนใน ตั้งแต่ป้อมพระจุลฯ กิโลเมตรที่ 0 ถึงสะพานพระพุทธยอดฟ้าฯ กิโลเมตรที่ 48 ยาว 48 กิโลเมตร รวมเป็นระยะทาง 66 กิโลเมตร