ท่าเรือกรุงเทพจัดพื้นที่บริเวณเขื่อนตะวันออกไว้ให้บริการเรือตู้สินค้า โดยแยกเป็น 2 ท่าบริการตู้สินค้า ได้แก่ ท่าบริการตู้สินค้า 1 (Container Terminal 1) และท่าบริการตู้สินค้า 2 (Container Terminal 2) ให้บริการขนถ่ายตู้สินค้า (Discharge) ฝากเก็บตู้สินค้าในลานวางตู้สินค้า (Marshalling Yard) ส่งมอบสินค้า (Delivery) รับมอบตู้สินค้าจากตัวแทนเรือ หรือเจ้าของตู้สินค้า (Receiving) และบรรทุกตู้สินค้าลงเรือ (Loading) 

          การบริการตู้สินค้า มีดังต่อไปนี้ 

สินค้าขาเข้า

          การขนถ่ายและเก็บรักษาตู้สินค้า
          - ตู้สินค้า FCL ขาเข้า เป็นตู้เจ้าของเดียว ซึ่งจะนำตู้สินค้าออกนอกเขตท่าเรือ ไปยังโรงงานหรือ ICD เรือที่คลังเก็บสินค้าก็ได้ โดยทั่วไปตู้ FCL จะเก็บไว้ที่ท่าบริการตู้สินค้า 1 และ 2 ณ บริเวณลานวางพักตู้สินค้า เพื่อรอส่งมอบให้กับเจ้าของสินค้าหรือตัวแทน 
          - ตู้สินค้า LCL ขาเข้า เป็นตู้ที่ต้องมีการเปิดเพื่อนำสินค้าออกจากตู้สินค้าภายในเขตท่าเรือ ซึ่งตู้ LCL เมื่อทำการขนถ่ายขึ้นจากเรือแล้ว จะดำเนินการส่งมอบไปกองเก็บที่ลานวางตู้สินค้าโรงพักสินค้าพิธีการโดยตรง 
          - ตู้สินค้าเปล่าที่ทำการขนถ่ายขึ้นจากเรือจะส่งไปยังลานตู้สินค้าเปล่าเพื่อส่งมอบให้เจ้าของตู้สินค้านำไปบรรจุสินค้าในเขตท่าเรือ หรือเพื่อนำออกนอกเขตท่าเรือ 
          - ตู้สินค้าห้องเย็น FCL (FCL Reefer Container) เมื่อขนถ่ายขึ้นจากเรือแล้วจะนำไปลานวางพักตู้สินค้าห้องเย็น และเสียบปลั๊กทันที ส่วนตู้สินค้าห้องเย็น LCL จะนำไปเสียบปลั๊กที่บริเวณ โรงพักสินค้า 17 เพื่อรักษาอุณหภูมิภายในตู้มิให้สินค้าเสียหาย เพื่อรอส่งมอบให้กับเจ้าของสินค้าหรือตัวแทน 
          - ตู้สินค้าอันตรายประเภท ข และตู้สินค้าที่บรรจุสินค้าเกินความสูง กว้าง และยาวกว่าตู้สินค้าปกติ จะนำไปเก็บรักษาไว้ที่ๆจัดไว้โดยเฉพาะ 
          - ตู้สินค้าอันตรายประเภท ก เมื่อขนถ่ายขึ้นจากเรือต้องนำออกนอกเขตท่าเรือกรุงเทพทันที 

          การเปิดตู้สินค้าและเก็บรักษาสินค้า 
          ตู้สินค้าขาเข้าประเภท LCL แบ่งออกเป็น 2 ประเภท คือ 
          1. LCL/CFS เปิดตู้เพื่อนำสินค้าเข้าเก็บในที่เก็บสินค้า บริษัทตัวแทนเจ้าของตู้สินค้ายื่นแบบขออนุญาตเปิดตู้สินค้าต่อเจ้าหน้าที่ศุลกากรประจำแผนกโรงพักสินค้า ผ่านหัวหน้าแผนกโรงพักสินค้า พร้อมจัดพนักงานจดรายการสินค้า คนงาน เครื่องมือยกขนสินค้าเพื่อนำสินค้าออกจากตู้สินค้า แผนกโรงพักสินค้าจัดพนักงานและรถเครื่องมือทุ่นแรงนำสินค้าที่เปิดออกจากตู้สินค้าเข้าเก็บในโรงพักสินค้าเป็นหมวดหมู่ตามเครื่องหมายสินค้า สินค้ามีค่านำเข้าเก็บในห้องเก็บสินค้ามีค่า สินค้าชำรุดนำเข้าเก็บในห้องเก็บสินค้าชำรุด ส่วนสินค้าที่มีขนาดใหญ่นำเข้าเก็บในโรงพักสินค้าไม่ได้จะแยกเก็บไว้ภายนอก 
          2. LCL/DD เปิดตู้ขนส่งสินค้าหน้าตู้โดยตรง ไม่นำสินค้าเข้าเก็บในที่เก็บสินค้า สินค้าผ่านแดน สินค้าปอ ฝ้าย นุ่น รถยนต์ เครื่องยนต์และอะไหล่รถยนต์เก่าใช้แล้ว และสินค้าอันตราย เมื่อขนถ่ายลงจากเรือหรือเปิดนำออกจากตู้สินค้าแล้ว จะนำไปเก็บตามคลังสินค้าที่เกี่ยวข้อง 

          การส่งมอบตู้สินค้าและสินค้าบรรจุตู้
          ดำเนินการดังนี้ 
          - การส่งมอบตู้สินค้า FCL ออกนอกเขตท่าเรือ 
          - การส่งมอบสินค้าจากตู้สินค้า LCL แบ่งเป็น 2 วิธี 
                    >> การส่งมอบสินค้าที่เก็บรักษาอยู่ในโรงพักสินค้า 
                    >> การส่งมอบสินค้าที่เปิดตู้ขนส่งสินค้าหน้าตู้โดยตรง (LCL/DD) 

          เอกสารประกอบการนำตู้สินค้า/สินค้าออกนอกเขตท่าเรือกรุงเทพ
          1. เอกสารของบริษัทเรือหรือตัวแทน 
                    1.1. ใบสั่งปล่อยสินค้าของบริษัทตัวแทนเรือ (D/O: Cargo Delivery Order) 
                    1.2. แบบขออนุญาตเปิดตู้คอนเทนเนอร์ 
          2. เอกสารของท่าเรือกรุงเทพ 
                    2.1. ใบรับของจากท่าเรือกรุงเทพ (Wharf Receipt of Bangkok Port) 
                    2.2. ใบเสร็จรับเงิน/ใบกำกับภาษี 
                    2.3. ใบสั่งปล่อยสินค้า (Cargo Slip) 
                    2.4. ใบกำกับตู้สินค้า (Container Slip) ในกรณีเป็นตู้สินค้า FCL 
          3. เอกสารของกรมศุลกากร 
                    3.1. Slip เตรียมของเพื่อปล่อย จำนวน 1 ใบ (หน้า-หลัง) 
                    3.2. ใบคำสั่งเจ้าหน้าที่ศุลกากร 
                    3.3. ใบสั่งปล่อย (ตั๋วแดง / กศก.100) 
                    3.4. ใบคำร้องขอนำคอนเทนเนอร์และหรือคอนเทนเนอร์แร็ค ออกไปจาก อารักขาของศุลกากร (กศก.67) 

สินค้าขาออก 

          การรับมอบตู้สินค้าและบรรทุกตู้สินค้าลงเรือ
          ตู้สินค้าที่บรรจุสินค้าจากภายนอกและตู้สินค้าเปล่าที่จะนำเข้ามายังเขตท่าเรือกรุงเทพนั้น เมื่อผ่านสถานีตรวจสอบแล้ว จะนำไปวางพักยังลานวางพักตู้สินค้าเพื่อรอการบรรทุกลงเรือ โดยท่าเรือกรุงเทพกำหนดให้นำสินค้าเข้ามาในเขตท่าเรือก่อนเวลาเรือเทียบท่า 3 ชั่วโมง 
          สำหรับตู้สินค้าอันตรายประเภท ก. ตู้สินค้า O/H, O/W, O/L และตู้สินค้าห้องเย็นอนุญาตให้ผ่านเข้าเขตท่าเรือกรุงเทพเพื่อนำไปบรรทุกลงเรือได้โดยตรง 
          การนำสินค้าเข้ามาบรรจุเข้าตู้สินค้าที่ท่าเรือกรุงเทพนั้น ท่าเรือกรุงเทพได้จัดพื้นที่ลานบรรจุไว้เป็น 2 ส่วน คือ ส่วนที่ดำเนินการโดยบริษัทเรือ และส่วนที่ดำเนินการโดยบริษัทรับจัดการขนส่งสินค้า (Freight Forwarders) โดยท่าเรือกรุงเทพ จะอำนวยความสะดวกในเรื่องพื้นที่ และเครื่องมือทุ่นแรงตามต้องการ เมื่อบรรจุสินค้าเข้าตู้เรียบร้อยแล้ว ตู้สินค้าจะถูกเคลื่อนย้ายไปยังบริเวณลานวางพักตู้สินค้า รอการบรรทุกลงเรือ (Pre-Load) ณ ท่าบริการตู้สินค้า 1 และ 2 เพื่อบรรทุกลงเรือต่อไป 

          บริการพื้นที่พิเศษวางตู้บรรจุสินค้าขาออก
          ท่าเรือกรุงเทพได้จัดพื้นที่พิเศษเพื่อบริการผู้ส่งออกที่ต้องรวบรวมสินค้าส่งออกคราวละมากๆ เช่น ข้าว ยางพารา มันสำปะหลัง เครื่องนุ่งห่ม กระดาษ เม็ดพลาสติก รวมทั้งสินค้าการเกษตรอื่นๆ เพื่อให้สามารถประหยัดต้นทุนในการส่งออกได้ 
          พื้นที่พิเศษวางตู้บรรจุสินค้าขาออก (Special Export Zone) ตั้งอยู่ ณ บริเวณลานวางตู้สินค้า (ลาน B)สามารถให้บริการทั้งตู้ประเภท FCL และ LCL ที่บรรจุตู้ในท่าเรือ โดยเสียค่าธรรมเนียมการใช้พื้นที่เพียง 500 บาท และ 1,000 บาท ต่อตู้ขนาด 20 ฟุต และ 40 ฟุต ระยะเวลานาน 30 วัน แทนการชำระค่าฝากเก็บสินค้าปกติ