เพื่อเป็นการประกันความปลอดภัยของชีวิต ทรัพย์สิน รวมทั้งสินค้าที่ฝากเก็บอยู่ในเขตพื้นที่ของท่าเรือกรุงเทพ ท่าเรือกรุงเทพได้จัดพนักงานรักษาความปลอดภัยรักษาการณ์ ณ จุดต่างๆ และตระเวนตรวจตราภายในเขตรั้วศุลกากรตลอด 24 ชั่วโมง โดยประสานกับตำรวจท่าเรือซึ่งรับผิดชอบดูแลเรื่องการจราจรและการป้องกันอัคคีภัยด้วย
ที่บริเวณท่าบริการตู้สินค้า ท่าเรือกรุงเทพยังได้ติดตั้งโทรทัศน์ระบบวงจรปิดเพื่อตรวจตราความปลอดภัย และตรวจสอบการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ และเครื่องมือต่างๆ อันเป็นการเพิ่มความมั่นใจให้กับผู้ใช้บริการยิ่งขึ้น
สำหรับการป้องกันอัคคีภัยนั้น ท่าเรือกรุงเพทได้จัดรถดับเพลิงประเภทต่างๆ ทั้งรถฉีดน้ำ รถฉีดโฟม รถกระเช้าเพื่อเตรียมรับสถานการณ์ที่อาจเกิดขึ้น รวมทั้งจัดให้มีการฝึกซ้อมแผนฉุกเฉินเมื่อเกิดอุบัติภัยขึ้นเป็นประจำ